玩家完成一之岛的主要任务后，例如探索火山洞窟并找回丢失的宝可梦图鉴，便可以通过与宝可梦中心的比尔对话来安排离开。他会提供一艘红色船只，从港口出发时玩家可以选择前往二之岛或三之岛，这两个岛屿都属于群岛地区的新冒险地点。选择目的地时需考虑队伍的实力和当前目标，因为每个岛屿提供不同的挑战和资源。完成离开手续后，玩家即刻启航，进入下一阶段的探索。
选择前往二之岛后，玩家将抵达一个功能多样的区域，岛上设有回忆技能小屋，可以让宝可梦重新学习遗忘的技能，但需要消耗特定树果作为代价。岛屿西侧有需要通过冲浪术抵达的遗迹区域，藏有重要道具，而东部山区则要求玩家掌握碎石术来开辟道路。二之岛上分布着等级较高的野生宝可梦和训练师，建议队伍平均等级达到40级以上再尝试深入探索。岛上可能涉及支线任务，如帮助寻找失踪的角色，这往往会引导玩家进一步前往第三岛或其他地点。
如果玩家选择前往三之岛，则会遇到一个相对宁静的小岛，环境平和但隐藏着探索机会。三之岛可能需要玩家使用冲浪术或其他技能来访问隐藏区域，那里可能包含特殊道具或事件。完成岛上的任务后，往往能解锁前往其他岛屿的航线，例如四之岛或五之岛，从而扩展冒险范围。三之岛的氛围适合玩家在激烈战斗后进行调整，同时为后续挑战积累资源。
在探索二之岛和三之岛后，玩家可以通过枯叶市的码头再次乘坐圣安奴号游轮返回关都地区的主大陆。如果群岛剧情全部完成，重新获得船票可能需要捕捉一定数量的宝可梦。回到主大陆后，玩家可以继续挑战道馆、精英四天王或捕捉更多稀有宝可梦，主大陆提供城市、森林和洞穴等多样环境供进一步探索。这个过程自然衔接游戏的主线进展，让冒险持续深入。
